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全基因组测序分析锁定痢疾

    要想有效控制传染病 ,就必须对病原体的“隐私”有更为深入的剖析。由中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所等 6个单位最近完成的《痢疾杆菌全基因组序列测定与分析》科研课题 ,从分子水平对我国流行的痢疾病原菌优势菌株———福氏 2a痢疾杆菌 301株的致病机理和耐药机制进行了研究 ,取得了一系列具有原创性的科研成果。

    主持此项研究的金奇教授等 15位科研人员 ,采用当前最先进的技术 ,构建了 4万多个基因组片段克隆组成的全基因组Shotgun完全随机文库、限制性内切酶半定向随机文库和BAC文库等三套基因组文库。他们采用一端测序的步骤 ,测定了 30Mb(兆碱基对 )以上的序列 ,完成了包括毒力大质粒在内的全基因组序列测定和分析。研究人员通过基因组功能注释研究 ,发现痢疾杆菌 301株是目前已知含IS序列最多的微生物 ,显示该基因组异常活跃。而且 ,该菌株的比较基因组学分析也提示 ,301株的染色体上存有多个大片段的倒置和移位 ,这可能是影响细菌的侵袭与致病性的重要因素。

    更有意义的是 ,研究者经功能注释与比较基因组学研究 ,共获得了痢疾杆菌 301株 500多个特异的新基因 ,其中有近 200个迄今未见报道。他们还利用生物信息学方法 ,对新基因进行结构模拟和功能预测 ,先后获得了数十个编码外膜蛋白的基因 ,并以此作为有效免疫的组分和药物靶位的候选蛋白 ,从而为研制新型疫苗和新药奠定了基础。

    这项研究从基因组水平上 ,初步揭示了痢疾与大肠杆菌的进化关系 ,并获得了数十个各菌株特异性的“基因组岛”。由于这之中的多个“基因组岛”分别与各自重要物质的代谢及其毒力相关 ,故为研究痢疾杆菌的毒力进化和致病机理 ,尤其为痢疾的有效防治提供了科学依据。

作者:未知 文章来源:不详 更新时间:2006-11-2
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